W ściśle tajnej organizacji rządowej pojawia się nowa twarz. Agentka M (Tessa Thompson) miała już kiedyś do czynienia z kosmitami i uniknęła wymazania pamięci. Od tej pory pragnęła dowiedzieć się więcej o istotach spoza Ziemi. W końcu udaje jej się spełnić marzenie i dostać do MiB. Zostaje partnerką przystojnego agenta H (Chris Hemsworth), który jednak nie odznacza się zbytnim rozsądkiem. Mężczyzna ciągle wpada w tarapaty i ma skłonność do porywczych i nieprzemyślanych działań. Wkrótce duet agentów musi stawić czoło zupełnie nowemu zagrożeniu, by ocalić ludzkość i planetę. Okazuje się, że w strukturach ich jednostki kryje się szpieg. Film jest kontynuacją popularnej serii "Faceci w czerni". Za reżyserię odpowiada F. Gary Gray, twórca "Szybkich i wściekłych 8". To nie pierwsza współpraca aktorów Chrisa Hemswortha i Tessy Thompson - grali razem na planie "Thor: Ragnarok".