Niedaleko wybrzeży Marsylii załoga włoskiego kutra rybackiego wyławia rannego nieprzytomnego mężczyznę (Matt Damon). Jego imię i nazwisko nie są znane, bo nie ma przy sobie dokumentów. Podczas oględzin lekarz zauważa wszyty pod skórę mężczyzny implant z numerem konta w szwajcarskim banku. Gdy pacjent odzyskuje przytomność, okazuje się, że cierpi na amnezję. Nie pamięta przeszłości, nie wie, kim jest. Aby poznać swoją tożsamość, jedzie do Zurychu. W bankowym sejfie znajduje kilka paszportów ze swoim zdjęciem, zapas gotówki i broń. Odkrywa, że prawdopodobnie nazywa się Jason Bourne i pracuje dla CIA jako zabójca. Jego tropem podąża czterech mężczyzn. Los stawia na drodze Jasona Marie (Franka Potente), która stara się mu pomóc. Choć niemal każda ze scen nawiązuje do klasycznych filmów o agentach specjalnych, całość jest bardzo nowatorska. Dzięki scenariuszowi, którego podstawą była powieść Roberta Ludluma, i aktorstwu Matta Damona, obraz odświeża formułę kina szpiegowskiego.