Jason Bourne (Matt Damon) i Marie Kreutz (Franka Potente) nie odnaleźli spokoju na greckiej wyspie, ponieważ ciągle ścigają ich zabójcy. Mijają dwa lata. Para zaszywa się na terytorium Goa, na zachodnim wybrzeżu Półwyspu Indyjskiego. Jason cierpi na amnezję, ale nie zapomniał, że był szpiegiem wyszkolonym przez tajną organizację Treadstone, której agenci chcą go unicestwić. Wkrótce w Berlinie, podczas akcji kierowanej przez agentkę CIA Pamelę Landy (Joan Allen), ginie jeden z jej ludzi. Na miejscu zbrodni zostaje odkryty odcisk palca Bourne'a. Okazuje się, że pod Jasona podszywa się płatny zabójca Kirill (Karl Urban), który zamierza go zlikwidować. Bourne oraz jego partnerka muszą uciekać. Tymczasem Pamela wpada na trop tajemniczej operacji, w której brał udział Jason. Wraz z agentami Wardem Abbottem (Brain Cox) i Nicky (Julia Stiles) zaczyna go śledzić. Kontynuacja "Tożsamości Bourne'a". Oba filmy są adaptacjami thrillerów szpiegowskich Roberta Ludluma.