Ministerstwo Obrony przejmuje zwierzchnictwo nad tajnym programem rządowym Treadstone i nadaje mu nową nazwę - Blackbriar. Tajemnice projektu doskonale zna były agent Jason Bourne. Stanowi on ogromne zagrożenie dla dawnych zwierzchników, którzy postanawiają go zlikwidować. Bourne rozpoczyna walkę o swoje życie. Nie udaje mu się ocalić ukochanej kobiety. Mimo śmiertelnego ryzyka postanawia poznać prawdę o swojej przeszłości, której nie pamięta. Tymczasem londyński dziennikarz Simon Ross wpada na trop operacji Blackbriar i chce skontaktować się z Jasonem, który byłby cennym informatorem. W trakcie próby spotkania Bourne zostaje namierzony przez CIA. Tylko dzięki niezwykłym umiejętnościom udaje mu się uciec. Jego jedyną sojuszniczką okazuje się dawna znajoma, rządowa analityczka Nicky Parsons. Z kolei szef operacji Blackbriar, Noah Vosen wszelkimi sposobami usiłuje pozbyć się niewygodnego agenta.