Statek Federacji zostaje zaatakowany przez okręt dowodzony przez tajemniczego Romulanina, który poszukuje ambasadora Spocka. Kapitan George Kirk, by ocalić życie załogi i pasażerów, wśród których znajdują się jego żona oraz nowo narodzony syn James Tiberius, decyduje się na samobójczą misję. Niszczy wrogą jednostkę. Mijają lata. Syn George'a, inteligentny i zbuntowany James T. Kirk, zaciąga się na statek kosmiczny USS Enterprise. Na jego pokładzie jest już wielu żądnych przygód młodych ludzi oraz spokojny i pozornie pozbawiony uczuć Spock, pół Wolkanin, pół człowiek. Przejmuje on obowiązki kapitana, który musi opuścić jednostkę. Wkrótce James i jego kompani wyruszają w swoją pierwszą misję. Wówczas ponownie pojawia się tajemniczy romulański okręt. Podróżujący w czasie Nero przybywa z przyszłości. Jego zamiarem jest zgładzenie Kirka i jego towarzyszy, a tym samym pozbycie się osób, które będą w stanie przekreślić jego plan zniszczenia ludzkości.