Lata 50. XX wieku. Francuskie wojsko przeprowadza próby nuklearne na południowym Pacyfiku. W wyniku eksperymentu napromieniowaniu ulegają jaja żyjących tam gadów. Mija 40 lat. Nieznane monstrum atakuje japoński statek. Amerykański naukowiec, dr Niko Tatopoulos (Matthew Broderick), wraz z parą paleontologów zaczyna badania mające wyjaśnić przyczynę tragedii. Jedyny ocalały z katastrofy rybak opowiada o ogromnym gadzie, nazywając go Godzillą. Do badaczy dołącza Francuz Philippe Roaché (Jean Reno), który przedstawia się jako agent ubezpieczeniowy. Tymczasem Godzilla atakuje Nowy Jork, wzbudzając panikę wśród mieszkańców. Akcja wojska kończy się niepowodzeniem. Potwór ukrywa się w podziemiach, w każdej chwili gotowy na kolejny atak. Tymczasem przybyły na miejsce Niko odkrywa kilkaset jaj. Z pomocą skrywającego pewną tajemnicę Philippe'a próbuje zapobiec katastrofie.