Publiczne ujawnienie tożsamości Jasona Bourne'a miało poważne konsekwencje. Eric Byer (Edward Norton) dowodzi grupą, która ma zatrzeć ślady dotyczące tajnego projektu Outcome. Zakłada on ingerencję w kod genetyczny agenta poprzez dodanie dwóch chromosomów. W ten sposób zyskują oni dwie niezwykłe zdolności: siłę i nieprzeciętną inteligencję. Jedną z osób, które muszą zostać zlikwidowane, jest były uczestnik programu, agent Aaron Cross (Jeremy Renner). Przypadek sprawia, że udaje mu się przeżyć. Mężczyzna postanawia za wszelką cenę poznać prawdę o własnej tożsamości. Ściganemu pomaga lekarka Marta (Rachel Weisz), jedyna ocalała z zespołu naukowców pracujących dla Outcome. Rozpoczyna się gra o życie.