Daleka przyszłość. Przed tysiącem lat Ziemia została doszczętnie zniszczona, dlatego ludzkość przeniosła się na znajdującą się w innym układzie planetę Nova Prima. Specjalnie wyszkoleni żołnierze, tzw. duchy, zapewnili populacji bezpieczeństwo. Jednym z nich jest Cypher Raige. Mężczyzna stara się jak najlepiej wychować syna Kitaia. Niestety, ponieważ sam dorastał w armii, nie potrafi okazać chłopcu czułości. Gdy zaczyna rozumieć swój błąd, wpada na pomysł, by zabrać Kitaia na swój ostatni przed emeryturą lot. Statek, którym podróżują, wpada w rój asteroid, dlatego Cypher jest zmuszony awaryjnie lądować na opuszczonej Ziemi. Osamotnieni podróżnicy muszą jak najszybciej nadać sygnał SOS. Tymczasem Cypher jest ciężko ranny, a przewożony statkiem potwór wydostaje się z klatki. Kitai musi samodzielnie pokonać przeszkody, by uratować siebie i ojca. Ziemia okazuje się jednak dla niego mało przyjaznym miejscem, zdominowanym przez wybujałą dziką przyrodę.